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線性離子阱質(zhì)譜儀是利用離子阱作為分析器的質(zhì)譜儀，由一個雙曲面截面的環(huán)形電極和上下一對端電極構(gòu)成。
利用離子阱作為分析器的質(zhì)譜儀稱為線性離子阱質(zhì)譜儀。使用多的是由高頻率電場進行離子封閉的保羅阱（Paul trap）。由一個雙曲面截面的環(huán)形電極和上下一對端電極構(gòu)成。封閉在真空池內(nèi)的離子，通過高頻電壓掃描，將離子按m/z從池中引出進行檢測。它是一種低分辨時間串聯(lián)質(zhì)譜儀?？梢赃M行msn的測定（通常n=2-6）。而且價格比其它類型的串聯(lián)質(zhì)譜儀便宜。在有機物定性方面得到了很廣泛的應(yīng)用。
線性離子阱質(zhì)譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉(zhuǎn)移裂解（ETD)模塊可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的蛋白質(zhì)翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導(dǎo)解離（PQD)功能可以提供低質(zhì)量端碎片離子信息；
3、高選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結(jié)構(gòu)確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關(guān)MS3數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進行智能、快速分析，還可以和回旋共振質(zhì)譜組合成先進的多級高分辨雜交質(zhì)譜儀；
4、自動數(shù)據(jù)依賴性多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅為用戶提供預(yù)測代謝物結(jié)構(gòu)信息，也能提供未預(yù)測到的代謝物結(jié)構(gòu)信息。此外使用自動固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質(zhì)譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetworksTM 和Mass Frontier分析軟件增強復(fù)雜基質(zhì)中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。
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